Pengadilan Agama Pangkajene telah melalui perjalanan sejarah yang cukup panjang. Pertama kali Qadhi terbentuk di Pangkajene pada tahun 1915 dengan ketuanya (petta Qadhi) ialah Andi Calla Dg. Mabbate dengan panitera (juru tulis) ialah Ambo Rappung Dg. Patalle dan H. Kallasi Dg. Maloga. Adapun hakimnya (Leden) adalah K.H. Muslimin, H.Husain,dan H. Muh. Said. Wilayah yurisdiksi Qadhi pada saat itu meliputi onderafdeling Pangkajene yang terdiri dari 6 adat gemenschap yaitu Pangkajene, Bungoro, Labbakkang, Segeri, Mandalle dan Balocci.

Adapun wilayah kepulauan pada waktu itu berstatus sebagai bagian dari stadagemente Makassar (Kotamadya Ujung Pandang yang sekarang dikenal dengan Kota Makassar). Volume perkaranya setiap tahun rata-rata 100 perkara. Jenis perkara yang ditangani pada umumnya terdiri dari waris, talak, cerai, rujuk, maskan dan hibah. Pada saat itu pengadilan berkantor di bawah kolom rumah petta Qadhi (ketua).

Kemudian pada tahun 1945, H. Andi Hasan Dg. Pawawo diangkat sebagai petta Qadhi kedua menggantikan Andi Calla Dg. Mabbate dengan paniteranya ialah H. Kallasi Dg. Maloga serta leden-nya (hakimnya) adalah H. Abd. Rahman, H. Mas’ud dan H. Baharuddin. Wilayah yurisdiksinya tidak berubah masih tetap sama dengan masa Andi Calla dan wilayah kepulauan tetap berada dalam wilayah stadagemente Makassar.

Pada tahun 1953, terbentuklah Kantor Urusan Agama (KUA) Kecamatan. Dengan keberadaan KUA Kecamatan ini, maka tugas-tugas Qadhi diambil alih oleh KUA Kecamatan yang berlangsung beberapa tahun hingga terbentuknya Pengadilan Agama/Mahkamah Syar’iyah pada tanggal  6 Maret 1958. Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syar’iyah Pangkep ini bersamaan dengan pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syar’iyah di wilayah Sulawesi lainnya, Nusa Tenggara, Maluku dan Irian barat.

Pengadilan Agama/Mahkamah Syar’iyah Pangkep di Pangkajene terbentuk berdasarkan Penetapan Menteri Agama No. 5 Tahun 1958 tanggal 6 Maret 1958. Adapun ketuanya yaitu K.H. Abd. Hannan dan Paniteranya yaitu Abd. Karim dan H. Baharuddin serta Hakim-hakimnya yaitu K.H. Syuaib Maggang dan K.H. Burhanuddin dengan dibantu oleh 7 orang Hakim anggota Honor masing-masing H. Kallasi Dg. Maloga, H. Muh. Syarif, K.H. Muh. Said, Abubakkaruddin, K.H. Hasan, K.H. Muh. Arsyad, dan Muh. Said.